از سال ۱۳۱۸ مردم و بزرگان اصفهان مکرراً از مسؤلین استان من‌جمله استاندار (امیر نصرت اسکندری) درخواست می‌نمودند که این خطه همانند شهرهای شیراز و مشهد دارای آموزشگاه عالی بهداری گردد. بالاخره پس از چندین سال تلاش، در سال ۱۳۲۵ مسؤلین وقت با تأسیس آموزشگاه موافقت نمودند.
در آن زمان رئیس دانشگاه تهران دکتر علی‌اکبر سیاسی بود و آموزشگاه‌های بهداری نیز زیر نظر پروفسور اوبرلین پزشک فرانسوی و رئیس دانشکده پزشکی اداره می‌شد. آن‌ها دکتر مرتضی حکمی جراح بیمارستان شهرداری سابق (امین فعلی) را به تهران دعوت کردند و مأموریت شناسایی و معرفی افراد واجد شرایط را به او محول کردند. در مرداد ماه همان سال در جریان اعزام هیئتی از دانشگاه تهران به اصفهان هشت نفر از پزشکان (دکتر مرتضی حکمی- دکتر ابوتراب نفیسی- دکتر حسین قلی اوژند- دکتر جابری انصاری- دکتر مسیح جلوه- دکتر احمد میرحسینی- دکتر ابوالقاسم بهرامی و دکتر عبدالباقی نواب) با تأیید هیئت مزبور به عنوان اولین استادان آموزشگاه انتخاب شدند.
در آذر ماه، آموزشگاه عالی بهداری در خانه شخص خیّری به نام حاج عبدالرسول رحیم‌زاده واقع در احمدآباد افتتاح گردید، ولی پس از مراسم بازگشایی آموزشگاه مزبور، فرد نیکوکار به دلایل نامعلومی از اقدام خود منصرف گردید. بر این اساس، مسؤلین دست کمک به سوی اداره‌ی فرهنگ دراز نمودند و مقرر شد از آن پس برای درس‌های نظری و عملی دانشجویان از کلاس‌های دبیرستان سعدی (پشت میدان نقش جهان، آموزشگاه سوره فعلی) استفاده شود. به تدریج با توجه به نیاز آموزشگاه به فضای بیشتر، اداره فرهنگ در سال بعد نیز کلاس دیگری در اختیار آموزشگاه گذاشت و این روند تا افتتاح دانشکده پزشکی ادامه یافت.
در آن زمان آموزشگاه عالی بهداری از نظر اداری همانند آموزشگاه‌های شیراز و مشهد زیر نظر دانشکده پزشکی تهران اداره می‌شد و دکتر ابراهیم نعمت‌اللهی استاد فیزیولوژی دانشگاه تهران بازرس آموزشگاه‌ها بود. در ۱۶ بهمن همان سال دکتر مرتضی حکمی به سمت رئیس آموزشگاه منصوب گردید و پزشکان دیگری من‌جمله دکتر ناصر امیر نیرومند، دکتر حسین انواری، دکتر رحمت‌الله برجیان، دکتر منوچهر دانشگر، دکتر فضل‌الله رحیم‌پور، دکتر فضل‌الله سرلتی، دکتر محمد فتاح و دکتر احمد فشارکی به استخدام آموزشگاه در آمدند.
نا گفته نماند که در مهر ماه سال ۱۳۲۵ یک آگهی به امضای دکتر جلوه کفیل اداره بهداری استان و استاد آموزشگاه، تأسیس آموزشگاه را از طریق روزنامه‌های محلی به اطلاع شهروندان رساند. در آن زمان از دانش‌آموزان دبیرستانی از اول تا پنجم ثبت‌نام به عمل می‌آمد و دانش‌آموزان ششم طبیعی مستقیم به سر کلاس می‌رفتند ولی از کلاس‌های پایین‌تر کنوکوری به عمل آمد که از میان آن‌ها ۵۴ نفر پذیرفته شدند به این منظور که بعد از چهار سال «بهدار» شده و به خدمت دولت درآیند و بعد از شش سال خدمت در این پست بتوانند در سال چهارم دانشکده پزشکی تهران حاضر شده و پزشک شوند.
آموزشگاه عالی بهداری در دومین سال تأسیس خود به موازات رشد فعالیت‌های علمی و آموزشی و احساس نیاز به بیمارستانی که دوره‌های عملی را در آنجا برگزار نماید، در اندیشه رفع این مشکل بر آمد. بر همین اساس بیمارستان خورشید از موقوفات حاج آقا نورالله نجفی که در نزدیک آن قرار داشت. و نیز یک ساختمان قدیمی و خشتی مشتمل بر ۲۰ تختخواب در تیر ماه سال ۱۳۲۶ به آموزشگاه واگذار گردید.
پس از آن مرحروم دکتر حکمی از محل وجوه خیریه مردمی یک بخش نوساز آجری با ایوان‌های ستون‌دار که بخش مرکزی زمین بیمارستان را اشغال کرده بود به آنجا اضافه نمود که هنوز آن ساختمان پابرجا است.
در سال ۱۳۲۸ زمان ریاست دکتر حسن نصیری، مرکز بهداشت سنبلستان نیز که در سال ۱۳۱۲ توسط حاجیه خانم مشیرفاطمی احداق شده بود به آموزشگاه واگذار گردید و بعد از واگذاری باغ شهرداری فضای جنب این درمانگاه با دستور نخست‌وزیر وقت به این مرکز اضافه گردید.
در سال ۱۳۲۹ دانشکده پزشکی افتتاح گردید و دکتر فضل‌الله حکمتیاز اولین عضو هیئت علمی بود که از آموزشگاه به دانشکده پزشکی انتقال یافت، ناگفته نماند تا زمان انحلال آموزشگاه، تأسیسات و کادر آموزشی آموزشگاه بهداری و دانشکده به طور مشترک مورد استفاده قرار می‌گرفت. با توجه به کمبود جا پیشنهاد احداث دانشگاه در زمین‌های هزار جریب که در آن زمان متعلق به چهار نفر به نام‌های ورثه حاج محمد کازرونی، شیخ‌زاده هراتی، حسین سلطانی و حبیب اشراقی بود مورد بحث و تبادل نظر قرار گرفت، بالاخره پس از مذاکره با صاحبان املاک جهت واگذاری این زمین‌ها به دانشگاه عده‌ای سهم خود را بخشیدند، عده‌ای به دریافت نصف قیمت راضی شدند و نهایتاً مقدمات احداث ساختمانی در آن زمین‌ها جهت دانشگاه فراهم گردید.
اولین رئیس دانشکده پزشکی دکتر حکمی و سپس دکتر حسم قلی اوژند بود. دانشکده به دلیل کمبود جا، مکانی جهت تشکیل کلاس‌ها نداشت. ناچار در شکرشکن خانه‌ای معروف به عمارت زاهدی را اجاره نمودند که پس از مدتی آن خانه به خیابان چهارباغ نزدیک مدرسه سلطانی (حوزه عملیه فعلی) انتقال یافت.
با توجه به نیاز دانشکده به بیمارستان‌های دیگر در سال ۱۳۳۲، بیمارستان نیمه تمام دیگری که در اختیار بهداری بود و در قبرستان قدیم شهر (ستی فاطمه) بنا شده بود به دانشکده واگذار گردید که با حدود یکصد تخت شروع به کار نمود این مرکز در آن زمان به بیمارستان یکصد تختخوابی شهرت یافت و بعدها به ثریا، مصدق و کاشانی تغییر نام یافت.
در ۱۶ شهریور ۱۳۳۷ در جریان بازدید دکتر منوچهر اقبال نخست‌وزیر و دکتر مهران وزیر فرهنگ از اصفهان با تأسیس دانشگاه اصفهان موافقت به عمل آمد به آین شرط که دانشکده داروسازی که در سال ۱۳۳۴ تأسیس شده بود و تا آن سال به صورت ضمیمه دانشکده پزشکی اداره می‌شد مستقل گردد و دانشکده ادبیات نیز افتتاح شود. دکتر مهی نامدار رئیس و عضو هیئت علمی دانشکده داروسازی تهران به ریاست دانشگاه اصفهان منصوب گردید. در همان سال ربیرخانه دانشگاه در محل فعلی بیمارستان علی اصغر ۷ تأسیس شد و رئیس دانشگاه با توجه به مشکلات ناشی از سه دانشکده، نتوانست اقدام مناسبی انجام دهد بنابراین از سمت خود استعفا داد و دکتر محمد ریاحی پزشک ارتش به سمت رئیس دانشگاه منصوب گردید. ایشان نیز قادر به حل دو دستگی‌ها و اختلافات میان استادان نبود بر همین اساس، دکتر خانلری وزیر فرهنگ وقت بعد از استعفای دکتر ریاحی دبیرخانه دانشگاه را منحل کرد و قرار بر این شد که دانشکده‌ها هر کدام به طور مستقل زیر نظر اداره تعلیمات عالیه به کار خود ادامه دهند. دانشکده ادبیات تحت ریاست دکتر فاروقی و دانشکده‌های پزشکی و داروسازی تحت سرپرستی دکتر ابوتراب نفیسی قرار گرفتند.
در سال ۱۳۴۱ آموزشگاه عالی بهداری منحل و دانشکده پزشکی به طور مستقل به فعالیت خود ادامه داد. توضیح اینکه در سال تحصیلی
۴۲-۱۳۴۱ دانشکده داروسازی مجدداً به دانشکده پزشکی ملحق گردید و از پذیرش دانشجو برای آن دانشکده خودداری به عمل آمد و مانده دانشجویان آن نیز به دانشکده داروسازی تهران اعزام شدند. در همین سال مسؤلیت اجرایی و اداری دانشکده پزشکی و داروسازی از جمله گرفتن بودجه و تأمین اعتبار عمرانی، رسیدگی به امور ساختمان‌ها، خرید دارو و غذای بیمارستان‌ها، ایجاد ساختمان‌ها و تأسیسات بیمارستانی و دانشگاهی به عهده دکتر عباس ادیب واگذار گردید، حتی نقشه ساخت دانشکده پزشکی نیز از جمله اقدامات ماندگاری است که در کارنامه فعالیت‌های دکتر ادیب به چشم می‌خورد. در سال ۱۳۴۲ گورستان چلمان توسط برادران عبدالحسین و مهدی کتابی به بیمارستان سنبلستان ملحق شد و با نام «بیمارستان کودکان کتابی» فعالیت خود را آغاز کرد.
در مهر ماه ۱۳۴۳ دانشکده علوم در جوار دانشکده ادبیات در کوی شاهزاده ابراهیم تأسیس و در سال ۱۳۴۴ مجدداً اجازه تأسیس دانشکده داروسازی (با دوره چهار ساله منضم به دانشکده پزشکی) برای تربیت لیسانس داروسازی صادر گردید.
در ۱۶ شهریور ۱۳۴۶ بنا به درخواست هادی هدایتی وزیر آموزش و پرورش وقت، دکتر قاسم معتمدی معاون اجرایی وزارت بهداشت به ریاست دانشگاه اصفهان منصوب شد و مسؤلیت آن تا سالل ۱۳۵۵ ادامه یافت. چند ماه بعد وزارت علوم و آموزش عالی تأسیس شد و قانون هیئت امنای دانشگاه‌ها به تصویب رسید. نخستین هیئت امنای دانشگاه با حضور کسانی چون وزیر آموزش و پرورش، دبیر کل سازمان امور اداری و استخدامی (وقت)، وزیر دارایی، مدیر عامل سازمان برنامه و بودجه (سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی فعلی) رئیس انجمن شهر، استاندار اصفهان و رئیس دانشگاه و چند شخصیت دیگر تشکیل شد. از آن تاریخ تشکیلات دانشگاه صورت نوینی به خود گرفت و به تدریج ساختمان‌های گوناگون برای دانشکده‌ها در کوی دانشگاه در محل فعلی ایجاد گردیده است.
در همان سال دوره‌های تخصصی پزشکی نیز ایجاد و راه‌اندازی شد و در سال تحصیلی ۴۸- ۱۳۴۷ سه واحد آموزش عالی به نام‌های دانشکده علوم دارویی، رشته لیسانس علوم آزمایشگاهی و آموزشگاه عالی پرستاری به واحد آموزشی پیشین افزوده گردید.
در سال ۱۳۵۱ دوره چهار ساله علوم دارویی به دوره شش ساله دکترای داروسازی تبدیل شد و به دانشکده داروسازی و علوم دارویی تغییر نام یافت. .
در سال ۱۳۵۲ دوره کارشناسی ارشد بیوشیمی و در سال ۱۳۵۳ فوق لیسانس میکروب‌شناسی، انگل‌شناسی و تشخیص طبی ایجاد و راه‌اندازی شد.
در سال ۱۳۵۴ دانشکده داندانپزشکی تأسیس و راه‌اندازی گردید.
در سال ۱۳۵۵ ساختمان قدیمی مرحوم امین التجار که به زایشگاه امین مشهور بود به این بیمارستان اضافه گردید و نام بیمارستان امین بر آن نهاده شد.
در سال ۱۳۵۵ دکتر محمدعلی طوسی دکترای مدیریت آموزشی از سوی وزیر علوم وقت به ریاست دانشگاه اصفهان منصوب گردید.
مراکز پزشکی و آموزشگاه‌های وابسته دانشگاه اصفهان در سال ۱۳۵۷ شامل:
مراکز پزشکی کاشانی، خورشید، فیض، امین و بیمارستان کودکان کتابی وابسته به آن، آموزشگاه بهیاری و آموزشگاه عالی پرستاری بود. در همین سال سازمان تفضیلی (چارت تشکیلاتی) دانشکده پزشکی با گروه‌های تخصصی داخلی، جراحی، زنان و مامایی، اطفال، بیهوشی، بهداشت، آناتومی، پاتوبیولوژی، فارماکولوژی، فیزیولوژی، رادیولوژی، چشم، گوش و حلق و بینی و همچنین مرکز بهداشت روستا و دوره لیسانس علوم آزمایشگاهی به تصویب رسید و در سال بعد یعنی ۱۳۵۸ به پیشنهاد معاون آموزشی وقت و مجوز رئیس دانشگاه، گروه‌های بیوشیمی، مواد خوراکی و تغذیه در دانشکده داروسازی و علوم دارویی ادغام شد و مجدداً گروه‌های بیوشیمی و تغذیه، شیمی دارویی و زهرشناسی و مواد دارویی تأیید شد و به تصویب رسید.
در سال ۱۳۶۵ متعاقب قانون تشکیل وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی دانشکده‌های مربوط به رشته‌های پزشکی و پیراپزشکی از دانشگاه اصفهان مجزا شد و دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی استان اصفهان به ریاست دکتر اسماعیل اکبری تأسیس گردید. رؤسای بعدی دانشگاه به‌ترتیب دکتر ابراهیم اسفندیاری، دکتر حمیدرضا جمشیدی، دکتر عباس رضایی و هم اکنون دکتر شاهین شیرانی می‌باشد.
در حال حاضر این دانشگاه دارای ۷ دانشکده (پزشکی، داروسازی، دندانپزشکی، پرستاری و مامایی، بهداشت، مدیریت و اطلاع‌رسانی پزشکی و علوم توانبخشی) و ۱۲ بیمارستان آموزشی درمانی (الزهرا، امین، چمران، سوانح و سوختگی «امام موسی کاظم ۷»، سیدالشهداء، شهید بهشتی، عیسی‌بن مریم، کاشانی، فیض، فارابی، مرکز توانبخشی مدرس، نور و علی‌اصغر) در سطح شهر اصفهان و دارای حدود ۶۰۰ نفر هیئت علمی، ۵۷ گروه آموزشی، ۲ داروخانه آموزشی، ۳ درمانگاه آموزشی و ۲۲ شبکه بهداشت و درمان می‌باشد.
