این دانشگاه در ابتدا با عنوان آموزشکده دامپروری ایلام از سال ۱۳۵۵ به عنوان تنها دانشکده مستقل دامپروری و شاخه ای از دانشگاه رازی کرمانشاه شروع به فعالیت نموده است. پس از انقلاب فرهنگی این آموزشکده به دانشکده کشاورزی تغییر می یابد. در سال ۱۳۷۱ با توجه به اهداف انقلاب اسلامی مبنی بر توسعه فرهنگی، اجتماعی و اقتصادی مناطق محروم و به برکت سفر مقام معظم رهبری به استان ایلام این دانشکده از دانشگاه رازی مستقل و به دانشگاه ایلام ارتقاء یافت. در حال حاضر دانشگاه ایلام دارای ۹۵ رشته تحصیلی در مقاطع کاردانی، کارشناسی ، کارشناسی ارشد و دکتری می باشد. هم اکنون بیش از ۶۰۰۰ دانشجو در مقاطع تحصیلی کاردانی، کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری در این دانشگاه مشغول به تحصیل می باشند. اعضاء هیات علمی دانشگاه ۱۷۷ نفر می باشند که از این تعداد ۴۹ نفر مربی و ۱۱۴ نفر استادیار و ۱۵ نفر دانشیار هستند. کارکنان دانشگاه ۴۲۶ نفرند که شامل ۷۵ رسمی ، ۱۸۱ نفر قرارداد معین و ۱۷۰ نفر تحت پوشش شرکت خدماتی می باشند.
دانشگاه ایلام در حال حاضر دارای ۷ دانشکده (دانشکده نفت و گاز، دانشکدهکشاورزی، دانشکده ادبیات و علوم انسانی، دانشکده فنی و مهندسی، دانشکده علوم پایه، دانشکده پیرادامپزشکی و دانشکده الهیات) می باشد که با ریاست دکتر محمد علی اکبری به فعالیت خود ادامه می دهد.